CUT&Tag是一種新的DNA—蛋白質(zhì)互作研究方法。與傳統(tǒng)的ChIP-Seq相比，CUT&Tag技術(shù)操作簡便，無需免疫共沉淀和超聲破碎；細胞起始量低。60-100000個細胞就可以滿足需要，且CUT&Tag單細胞技術(shù)已經(jīng)實現(xiàn)；一步完成建庫，不需要傳統(tǒng)的修復末端，加A，加接頭構(gòu)建文庫；信噪比高。
CUT&Tag技術(shù)優(yōu)勢——特異性強，背景噪音較低；靈敏度強；重復性較好；成本遠低于ChIP-Seq。
CUT&Tag技術(shù)原理：
CUT&Tag技術(shù)的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗體結(jié)合功能域的轉(zhuǎn)座體pAG-Tn5。在進行CUT&Tag實驗時，首*行靶蛋白特異性抗體（一抗）孵育，使抗體進入細胞與靶蛋白結(jié)合。為了放大信號，同理接著進行二抗孵育。zui后孵育pAG-Tn5轉(zhuǎn)座體，使得轉(zhuǎn)座體進入細胞并與抗體結(jié)合，這樣就把轉(zhuǎn)座體間接的固定在靶蛋白上，隨后加入Mg2+，激活Tn5酶的切割活性，打斷靶蛋白結(jié)合的DNA區(qū)域。由于Tn5連有測序接頭，在打斷的同時直接在片段化的DNA上加接頭，接著提取DNA，進行PCR擴增構(gòu)建文庫。
一：CUT&Tag實驗結(jié)果進行qPCR分析
CUT&Tag實驗所獲取的DNA片段可以進行qPCR以檢測目的條帶的富集情況。CUT&Tag-qPCR與ChIP-qPCR類似，定量的長度、方法、引物設計等幾乎*一致。一般的實驗流程為：細胞與磁珠結(jié)合—一抗孵育—二抗孵育—轉(zhuǎn)座體孵育—片段化—DNA提取—qPCR檢測。整個實驗流程不超過10小時。
二：CUT&Tag實驗結(jié)果進行高通量測序（NGS）分析
CUT&Tag本身是一種高通量測序技術(shù)，zui終所獲取的實驗結(jié)果也是測序文庫。CUT&Tag的文庫與ChIP-Seq類似，都是200-1000bp左右的文庫。測序所得的數(shù)據(jù)可以用常規(guī)的分析軟件進行分析，無需特殊的分析軟件。一般的實驗流程為：細胞與磁珠結(jié)合—一抗孵育—二抗孵育—轉(zhuǎn)座體孵育—片段化—DNA提取—PCR構(gòu)建文庫—文庫純化—質(zhì)檢—測序。整個實驗流程約10小時。
三、CUT&Tag技術(shù)對不同的靶蛋白具有廣泛的適用性
CUT&Tag與ChIP-seq一樣，對常見的組蛋白和轉(zhuǎn)錄因子具有很好的適用性。多篇引用文章證實，CUT&Tag對RAR、CCKBR、TWIST2（轉(zhuǎn)錄因子）、JUN、JUNB、PIM1、Runx1、SOX15等DNA直接或者間接結(jié)合蛋白都具有很好的適用性。即CUT&Tag技術(shù)適用于全基因組范圍內(nèi)的DNA-蛋白質(zhì)互作研究。
四、CUT&Tag技術(shù)對不同的細胞樣本具有廣譜的適用性
CUT&Tag技術(shù)對實驗室常規(guī)的模式生物和細胞系都有很好的適用性。這些模式生物包括人、動物、植物、微生物樣本。CUT&Tag技術(shù)在HepG2 cell、RAW246.7 cell、KYSE cell、Human primary cell、Human Tissure cell、hPSCs、K562 cell、mouse ES cell、HEK293T cell、mouse MEFs cell、mouse embryos cell、mouse brain cell、NIH3T3 cell、CD4+T cell、HeLa S3 cell、H1 hESCs cell、CD8+T cell、果蠅細胞、muscle stem cell、擬南芥、水稻、棉花等細胞樣本中已經(jīng)得到了應用，可見，CUT&Tag技術(shù)對實驗室常規(guī)細胞樣本具有廣譜的適用性，含有細胞壁的細胞也適用。
艾美捷 CUT&Tag技術(shù) 相關(guān)研究工具：
cat# 名稱 時長
P-2028 EpiNext CUT&RUN Fast Kit <3小時
P-9018 EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit <3小時
P-9016 EpiNext CUT&RUN RNA m6A-Seq Kit <6小時
P-2032 EpiNext cTIP (CUT&Tag In-Place)-Sequencing Kit <5小時
